Mons. Flores Santana nació el 3 de julio de 1927, en la comunidad de Bocas de Licey, Tamboril, Arquidiócesis de Santiago de los Caballeros. El 26 de septiembre de 1941, ingresó en el Seminario Menor del Santo Cerro, dirigido por los padres Jesuitas. Terminado el Bachillerato, Humanidades y latín, pasó al Seminario Mayor Santo Tomás de Aquino, Santo Domingo, donde realizó estudios de Filosofía y comenzó los estudios de Teología. Fue enviado a la Pontificia Universidad de Comillas, Santander (España) donde obtuvo el título de Licenciado en Teología Dogmática, con honores de Magna cum Laude (1954). En Santander fue ordenado sacerdote el 12 de julio de 1953.
En 1954 fue destinado a Roma a realizar estudios de Derecho Canónico en la Universidad Lateranense donde consiguió Licenciatura (Magna cum Laude). Regresado a la República Dominicana fue nombrado Pro-Canciller, Encargado del Tribunal Eclesiástico y Administrador Parroquial de la Parroquia de Santa Ana, en Navarrete. Durante este tiempo trabajó, además, en la investigación para su tesis doctoral en Derecho Canónico. En 1958 vuelve nuevamente a la Pontificia Universidad de Comillas, Santander, a terminar la tesis doctoral en Derecho Canónico, donde obtiene el doctorado (1959).
El 24 de abril del 1966, fue designado segundo Obispo de La Vega, y consagrado el 12 de junio del mismo año. El 13 de julio de 1992, el Papa Juan Pablo II, lo transfirió a la sede episcopal de Santiago de los Caballeros. Cuando el 14 de febrero del 1994 la diócesis de Santiago de los Caballeros es elevada a Sede Metropolitana, Mons. Flores Santana se convierte en su primer Arzobispo, cargo que ocupó hasta el 16 de julio del 2003, cuando es aceptada su renuncia por motivos de edad. Es autor de muchas publicaciones de espiritualidad y de otros temas. Sin duda alguna su reverendisima ha sido uno de los más destacados miembros de la Iglesia Dominicana.