Juan Pablo Duarte y Diez nació en la ciudad de Santo Domingo el 26 de enero de 1813, durante el período conocido como el de la "España Boba". Sus padres fueron Juan José Duarte, oriundo de Vejer de la Frontera en la provincia española de Cádiz, y Manuela Diez Jiménez, oriunda de El Seibo, hija a su vez de padre español y madre dominicana.
Luego de que las tropas del haitiano Toussaint L'Ouverture llegaron al país en 1801, tomando posesión de la ciudad de Santo Domingo, los Duarte salieron hacia Puerto Rico, residiendo en Mayagüez, Puerto Rico, donde ha debido nacer su hijo primogénito Vicente Celestino, pero hasta ahora no se ha encontrado constancia de ello. La familia regresó al país luego de terminada la guerra de la Reconquista en 1809, cuando el país volvió a ser colonia española.
Su padre trabajó tesonera y provechosamente en su negocio de efectos de marina y ferretería, único en su género en la ciudad de entonces, situado en la margen occidental del río Ozama, en la zona conocida con el nombre de La Atarazana. En esta época nacieron, además de Juan Pablo, dos de los cinco hijos llegados a mayores: Filomena y Rosa. Nacieron otros que murieron jóvenes: Francisca, Sandalia y Manuel.
El padre de Duarte murió en la. ciudad de Santo Domingo eI 25 de Noviembre del 1843, estando Duarte ausente del pais y su madre en Caracas en el 1858, durante el destierro que le impuso Santana, en unión de sus hijos.
Juan Pablo fue bautizado en la Iglesia de Santa Bárbara el 4 de febrero de 1813. Sus primeras enseñanzas las recibió de su madre y, más tarde, asistió a una pequeña escuela de párvulos dirigida por una profesora de apellido Montilla. De allí pasó a una escuela primaria para varones, donde desde muy temprano dio muestras de una gran inteligencia. Fue admitido más tarde en la escuela de don Manuel Aybar, completando sus conocimientos de lectura, escritura, gramática y aritmética elemental.
Siendo casi un niño recibió clases sobre teneduría de libros para pasar, ya adolescente bajo la tutoría del doctor Juan Vicente Troncoso, uno de los más sabios profesores de entonces. Con él estudió Filosofía y Derecho Romano, mostrando, una vez más, su gran deseo de superación y de amor por los estudios.
En 1828 o en 1829, con apenas quince años de edad, y acompañado del señor Pablo Pujols, comerciante ligado a su familia, sale vía Estados Unidos, Inglaterra, y Francia rumbo a España, radicándose en Barcelona, donde tenía parientes. Poco se conoce de Duarte durante su permanencia en España.
Para 1831 ó 1832 aparece de nuevo en Santo Domingo y trabaja en el negocio de su padre. Realiza una intensa vida social que le liga a importantes sectores de la pequeña burguesía urbana. Es testigo de matrimonios, apadrina bautizos y asiste a reuniones de carácter cultural. Esa viviencia de la sociedad es la que le permite percibir que existe un sentimiento patriótico que rechaza la presencia de los haitianos en el país. El mérito de Duarte, como patriota y como político organizador estriba, fundamentalmente, en que supo interpretar el momento histórico que vivía la sociedad dominicana de aquel entonces, renuente en sus capas más decisivas a aceptar la dominación haitiana. Para ese momento el gobierno de Boyer había envejecido y de un gobierno liberal y progresista, pasó a ser una dictadura con graves problemas económicos y resistencia interna en su territorio original.
Apegado a la lectura y ávido de conocimientos, traducía del francés al español, así como del latín. El 16 de julio de 1838, después de haber realizado una discreta labor de proselitismo, fundó la sociedad secreta "La Trinitaria". para que asumiera la responsabilidad de dirigir las actividades. Esta sociedad, que respondía a una estructura celular, tenía por lema "Dios, Patria y Libertad" y sus primeros miembros fueron Juan Pablo Duarte, Juan Isidro Pérez, Pedro Alejandro Pina, Jacinto de la Concha, Félix María Ruiz, José María Serra, Benito González, Felipe Alfau y Juan Nepomuceno Ravelo. Más adelante surgió otra sociedad "La Filantrópica" destinada a realizar una importante labor de propaganda mediante la representación de piezas teatrales.
Duarte tenía antes de la independencia un definido concepto de la nación dominicana y de sus integrantes. En su proyecto de constitución dice con claridad que la bandera dominicana puede cobijar a todas las razas, no excluye ni da predominio a ninguna. Su concepción de la República era la de un patriota, republicano, anticolonialista, liberal y progresista.
Cuando se inició en 1843 la revolución contra Boyer que repercutió en la parte oriental de la isla, Duarte encabeza el movimiento reformista en la ciudad de Santo Domingo. Juega un papel decisivo que lo llevó al liderato de los republicanos que luchaban por la independencia. Las circunstancias lo obligaron, más tarde, junto a otros compañeros a abandonar el país. Pero al ausentarse del territorio nacional sus compañeros, encabezados por Francisco del Rosario Sánchez y Matías Ramón Mella, llevaron a cabo las gestiones finales del movimiento. Redactaron el Manifiesto del 16 de enero de 1844 en el cual quedaron plasmados los principios republicanos y liberales que Duarte predicó durante años y ratificaron, en el cuerpo de ese documento, la firme voluntad de crear un Estado soberano.
Después del 27 de febrero regresó a su patria, y se incorporó a la Junta Central Gubernativa dominada por los sectores más conservadores que no tenían fe en la viabilidad de la República. Se inició un proceso de luchas internas que culminó con la expulsión del territorio nacional de los patriotas fundadores del Estado dominicano. Ese Estado que nace a la vida pública, llevando en su seno oportunistas, conservadores y anexionistas en las más altas posiciones usurpadas a los iniciadores del movimiento separatista, que encarnaron siempre la vocación de sacrificio y el amor a la libertad de la mayoría del pueblo.
Falleció en Caracas, Venezuela, el 15 de julio de 1876 a los 63 años de edad.